ISOLASI DNA

ACARA II
ISOLASI DNA

A. Tujuan 

1.      Untuk mengetahui metode sederhana mengisolasi DNA buah-buahan.

2.     Mengetahui efektifitas detergen/sabun yang digunakan untuk isolasi DNA

B. Pendahuluan

DNA (Deoxyribose Nucleid Acis) tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribose, basa nitrogen dan fosfat tang tergabung membentuk nucleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleutida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua “benang” polinukleutida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukkleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel Makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain.

DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan anatara lain : preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena ada senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi ynag menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar airpada masing-masing buah berbeda , dapat memberikan hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang ter presipitasi juga akn sedikit.

Proses isolasi DNA diawali denga proses ekstraksi DNA . hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini haris dilakuka dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel. Proses ini sangat penting untuk penghancuran struktur protein dan memungkinkan untuk pelepasan asam nukleat dari inti. Lisis dilakukan dalam larutan garam, deterjen yang mengandung protein denaturasi atau protease (enzim mencerna protein), seperti proteinase K, cara tersut merupakan cara kimiawi. Selain itu juga bisa dilakukan dengan cara mekanik yaitu dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortal dan pistil.

Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa “lipid protein-detergen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk senyawa protein dan lipid memiliki ujung hidtofilik, demikian juga dengan detetrgen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.

C. ALAT DAN BAHAN

Beaker gelas atau gelas aqua

Pisau

Pengaduk

Penyaring (tissue/kapas)

Mesin blender

Spatula

Tabung rekasi dan rak tabung 

Buah tomat, pepaya, pir

Detergen (surf, rinso)

Sabun colek (wing, bukrim)

Garam dapur.

Etanol 96% dingin (etanol dan es)

Aquades

D. PROSEDUR KERJA

1.      Larutkan detergen dan sabun colek kedlam 60 ml aquades, diaduk pelan selama 15 menit

2.      Ambil 100 gram daging buah ditambah 100 ml aquades dimasukka ke dalam mesin blender, kemudian diblender selama 50 detik.

3.      Campurkan 4 ml masing-masing larutan sabun dicampurkan dengan masing-masing 4 ml jus buah.

4.      Tambahkan 1 spatula garam dapur kemudian diaduk selama 10 menit sampai diperoleh campuran yang homogen.

5.      Saring campuran yang dihasilkan pada point sebelumnya sebanyak dua kali.

6.      Sebanyak 6 ml hasil penyaringan pada point atas lalu dimasukkan kedalam tabung reaksi dan menambahkan 5 ml etanol 96% dingin.

7.      Amati proses timbulnya DNA , meliputi waktu yang diperlukan, warna, serta banyak sedikitnya DNA yang terbentuk.